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异构烃的来源之一是生物合成,与正构烷烃共生。这些异构烃的主要特点是甲基取代基在2和3位上,即2甲基烷烃和3一甲基烷烃。在高等植物的蜡、海生植物和细菌的类脂物以及动物的毛中都发现有此类异构烷烃。
烷烃经催化作用的一系列转化产生异构烷烃。异构烷烃也可能由甾类结构烃类的烷基侧链断裂产生。